Ⅰ 請問基因的拷貝數是怎麼定義的,怎麼計算啊
拷貝數就是指該基因在某一生物群體或個體中存在的個數. 單拷貝就是該基因在基因組中只有一個,多則指有多個,一般來講研究基因的拷貝數要用southern blot來鑒定
Ⅱ 請問基因的拷貝數是怎麼定義的，怎麼計算啊
拷貝數就是指該基因在某一生物群體或個體中存在的個數.
單拷貝就是該基因在基因組中只有一個,多則指有多個,一般來講研究基因的拷貝數要用southern
blot來鑒定
Ⅲ 什麼是基因拷貝數
實時熒光定量 PCR技術用於檢測插入的外源基因拷貝數
自 1994 年，第一例轉基因植物產品 Flavr Savr TM 西紅柿在美國上市，到 2003 年底，世界范圍內轉基因作物已遍布 18 個國家和地區，種植面積達 167.2 萬英畝 (6770 萬公頃 )( Ewen SWB,1999; 北國網 ) 。大量實踐使得植物轉基因技術已有了比較經典和成熟的技術路線。除了在商業領域內獲得抗性植株外，植物轉基因技術還延伸到植物生理學研究（生化反應途徑、植物抗病、抗逆性）以及生物反應器研究（葯物、疫苗等）中（ Khachatourians 2002 ）。
一般經過上游表達載體的設計構建以及下游轉化體系的建立、轉化品系的篩選鑒定等一系列步驟後，即獲得 T 0 代轉基因植物。在轉化過程中，外源 DNA 隨機插入植物基因組內，插入的拷貝數和位點都不固定。插入外源基因的拷貝數低（ 1 或 2 個）能較好的表達，插入的拷貝數多則會導致表達的不穩定甚至基因沉默現象（ Flavell 1994 ， Vaucheret et al 1998 ）。因此，檢測 T 0 代轉基因植物的外源基因的拷貝數是研究其分子特性的基礎步驟之一。
Southern blot 是一種常用的 DNA 定量的分子生物學方法。其原理是將待測的 DNA 樣品固定在固相載體（硝酸纖維膜或尼龍膜）上，與標記的核酸探針進行雜交，在與探針有同源序列的固相 DNA 的位置上顯示出雜交信號，通過檢測信號的有無、強弱可以對樣品定性、定量，從而計算出轉入的拷貝數。 Southern 法准確性高、特異性強，但存在費時費力的缺點。另外，由於 Southern 法檢測不經過靶片段的擴增（ PCR ），一般每個電泳通道需要 10-30 μ g 的 DNA ，在實際操作中就需要較大量的植物材料來提取 DNA ，而轉基因植物的愈傷組織在無菌條件下經過篩選、重新分化後一般都比較細弱，不宜大量取樣。如果外源基因在插入時發生基因重組，造成限制性酶切位點丟失， Southern 法也無法檢測到。這些因素都制約了 Southern 法在 T 0 代轉基因植物中檢測外源基因拷貝數的應用。
實時熒光定量 PCR 技術是一種較新的 DNA 定量方法。其定量的基本原理是在 PCR 反應體系中加入非特異性的熒光染料（如： SYBR GREEN I ）或特異性的熒光探針（如： Taqman 探針），實時檢測熒光量的變化，獲得不同樣品達到一定的熒光信號（閾值）時所需的循環次數： CT 值（ Cycle Threshold ）；通過將已知濃度標准品的 CT 值與其濃度的對數繪制標准曲線，就可以准確定量樣品的濃度。熒光定量 PCR 技術具有簡便、快捷的優點，能夠有效擴增低拷貝的靶片段 DNA ，對每克樣品中 20pg-10ng 的轉基因成分進行有效檢測。同時，與 Southern 法相比，熒光定量 PCR 技術可對 T-DNA 的不同序列進行擴增，因此能實現對轉基因品系中的基因重組的檢測（ Giovanna 2002 ）。
選擇一種合適的陽性標准品來繪制標准曲線，是應用實時熒光定量 PCR 技術准確定量模板初始濃度的基礎。近年來，國內外的科學家做了不同的嘗試。
P Song （ 2002 ）等人認為：理想的標准品應該是已插入外源基因的植物基因組 DNA ，並且用 Southern blot 准確測得插入的外源基因拷貝數。但是在實際研究中，很難得到這樣一套標准品。因此，他提出替代方案，根據外源基因拷貝數和野生型植物基因組 DNA 的大小，按一定濃度比率混合，製成標准曲線。例如，在轉基因玉米的外源基因拷貝數研究中他們發現：在加入熒光染料 SYBR GREEN I 的 20 μ L PCR 反應體系中，應以 6 ng 野生型玉米基因組 DNA 作為模板量。已知玉米基因組 DNA 大小為 2.5 × 10 9 bp （ Armuganathan and Earle 1999 ），相應於 6 ng 的玉米基因組 DNA ，即可計算出模擬 1 ， 2 ， 4 ， 8 ， 16 個外源基因拷貝時，應加入的質粒 DNA 的量。以這些梯度混合液作為標准品，就可繪制標准曲線，檢測樣品的濃度並計算插入的拷貝數了。實驗表明，用這種方法獲得的數據和 Southern blot 的結果相當一致。
Giovanna （ 2002 ）將農桿菌介導的轉基因番茄作為研究材料，選擇了雙元載體 T-DNA 區上的兩個外源基因： TSWV-N （ Tomato spotted wilt virus ）、 npt Ⅱ ( neomycin phosphoril-transferase Ⅱ ) 和一個單拷貝的內源基因（ endogenous gene ）作為熒光定量 PCR 擴增的模板，檢測外源基因拷貝數。他認為使用植物基因組 DNA 和一定比例質粒的混合液作為標准品，會累積許多無法避免的誤差。比如使用這種標准品必需預先知道待測植物基因組 DNA 的精確分子量，並對植物基因組 DNA 和質粒准確定量，但在大多數情況下得到的數據都只是近似值，再以此混合液作為標准品檢測每一轉基因植株的外源基因拷貝數時，就會放大這些誤差。
因此，他提出"相對 CT "或" δ-δCT "的方法，這個方法的優點是不需要為每次實驗製作標准曲線，只需要一個優化步驟證明外源基因與內源基因有相同的，至少是相似的反應效率即可。使用實時熒光定量 PCR 技術先測得同一模板的目標基因和內源基因的相對比值：
R line = SQ trans /SQ end
其中 SQ trans 為樣品中外源基因（ TSWV-N 和 npt Ⅱ ）的濃度； SQ end 為樣品中內源基因（ endogenous gene ）的濃度。
C trans = （ SQ trans × V ） /M trans
C end = （ SQ end × V ） /M end
C trans ： C end = （ SQ trans /SQ end ）×（ M end / M trans ）
其中， C trans ， C end 分別為外源基因和內源基因的拷貝數； M trans 和 M end 分別為外源基因和內源基因的分子量。因為內源基因為單拷貝， SQ trans /SQ end 的比值就與外源基因的拷貝數成正比。
δR line = R line [(δ SQ trans /SQ trans ) 2 + (δ SQ end / SQ end ) 2 ] 1/2
應用以上公式可計算出 R line 的標准偏差 δR line 。
最後，還需要知道單拷貝外源基因 R line 值，與每一個體的 R line 值做比較，計算出其准確拷貝數。即使用已知是單拷貝的轉基因植株，計算出其 R lin e 作為校正參數 R cal （ calibrator ），然後將 R cal / R line 的比值作為該品系的拷貝數。可是這種方法會將 R cal 值計算過程中的得到的初始濃度的誤差不可避免的帶到以後每一個品系的計算中去，造成結果的集體偏差。為此，使用下面的公式計算出 R 1 值，即單拷貝外源基因的 R line 值來替代原先的 R cal ：
F(R 1 ) = ∑ lines [R line /R 1 -N(R line /R 1 )] 2 / (δR line ) 2
其中， N(R line /R 1 ) 是最接近 R line /R 1 的整數。經計算， npt Ⅱ 基因的 R 1 值為 0.31 ； TSWV-N 基因的 R 1 值為 0.21 。將 R 1 /R line 代入公式即可知兩個基因在該植株中的拷貝數。由於 npt Ⅱ 基因與 TSWV-N 基因都位於雙元質粒的 T-DNA 區，若是同一植株的兩個基因拷貝數不同，很可能就是在質粒整合的過程中發生了重組。 與 Southern blot 法相比，這種方法更為靈敏。
與其他檢測方法相比， Giovanna 在實驗中需要優化的條件少、誤差小，可以得到有效、可靠的數據。另外，通過同時檢測 T-DNA 上的兩個外源基因： TSWV-N 和 npt Ⅱ 的拷貝數，還可以有效評估外源基因的重組情況。
參考文獻
• Ewen SWB, Pusztai A. Effect of diets containing genetically modified potatoes expressing Galanthus Nivalis lectin in rat small intestine. (1999) The Lancet 354, 1353-1354.
• 北國網 http://economy.lnd.com.cn/economy/ZX/200401/1518220040115.htm
• Khachatourians GG, McHughen A, Scorza R . Transgenic plants and crops. ( 2002) New York (USA), Marcel Dekker .
• Flavell RB : Inactivation of gene expression in plants as a consequence of specific sequence plication . (1994) Proc Natl Acad Sci USA , 91 , 3490 3496 .
• Vaucheret H, Béclin C, Elmayan T, Feuerbach F, Godon C, Morel JB, Mourrain P, Palauqui JC, Vernhetters S : Transgene-inced gene silencing in plants ( 1998) Plant J , 16 , 651 659 .
• Giovanna Mason, Paolo Provero, Anna Maria Vaira, Gian Paolo Accotto. Estimating the number of integrations in transformed plants by quantitative real-time PCR. (2002) BMC Biotechnol 2 (1), 20
• P Song, C Q Ca, M. Skokut, B D Kosegi, J F Petolino. Quantitative real-time PCR as a screening tool for estimatingtransgene number in WHISKERS?-derived transgenic maize. (2002) Plant Cell Rep 20, 948–954
Ⅳ 利用Southern怎麼測定基因拷貝
Southern Blot是一種常用的DNA定量的分子生物學方法。
其原理是將待測的 DNA 樣品固定在固相載體（硝酸纖維膜或尼龍膜）上，與標記的核酸探針進行雜交，在與探針有同源序列的固相 DNA 的位置上顯示出雜交信號，通過檢測信號的有無、強弱可以對樣品定性、定量，從而計算出轉入的拷貝數。Southern法准確性高、特異性強，但存在費時費力的缺點。另外，由於Southern法檢測不經過靶片段的擴增（PCR），一般每個電泳通道需要10-30 μg的DNA ，在實際操作中就需要較大量的植物材料來提取DNA ，而轉基因植物的愈傷組織在無菌條件下經過篩選、重新分化後一般都比較細弱，不宜大量取樣。如果外源基因在插入時發生基因重組，造成限制性酶切位點丟失，Southern 法也無法檢測到。這些因素都制約了Southern法在T0代植物中檢測外源基因拷貝數的應用。
Ⅳ 怎麼鑒定擬南芥轉基因植物拷貝數單拷貝和多拷貝插入與基因的轉化效率有什麼關系
和鑒定 T-DNA插入 拷貝數一樣的吧，用 southern-blot。基因組DNA 用限制性酶切後，用特異的探針（比如 載體上的序列為探針？或者抗性基因的探針？）雜交後，看雜交信號有多少 ，就是多少個拷貝。
Ⅵ 請問哪位能給我關於植物基因的信息，或哪個網站上能找到關於植物基因的信息，英文網站也沒關系
http://www.plantcell.org/site/teachingtools/teaching.xhtml
看看這些PPT，你就知道現在絕大多數植物學家在研究哪些基因，以及這些基因功能研究的最新進展
Ⅶ 如何知道一段基因在一個物種基因組中的拷貝數想通過生物信息學查找，比如NCBI上有沒有類似的版塊。
可以在NCBI上查到，在gege資料庫中搜索，可以看到基因在染色體上的定位信息，自然可以知道其拷貝數。
Ⅷ 如何用qpcr計算轉基因植物拷貝數
鑒定轉基植物第步要確定轉基已經穩定整合染色體第二步任務評估少轉基拷貝及每轉基表達水平何般經游表達載體設計構建及游轉化體系建立、轉化品系篩選鑒定等系列步驟即獲 T 0 代轉基植物轉化程外源 DNA 隨機插入植物基組內插入拷貝數位點都固定插入外源基拷貝數低（1或2）能較表達插入拷貝數則導致表達穩定甚至基沉默現象檢測T0代轉基植物外源基拷貝數研究其特性基礎步驟
其原理待測 DNA 品固定固相載體（硝酸纖維膜或尼龍膜）與標記核酸探針進行雜交與探針同源序列固相 DNA 位置顯示雜交信號通檢測信號、強弱品定性、定量計算轉入拷貝數Southern准確性高、特異性強存費費力缺點另外由於Southern檢測經靶片段擴增（PCR）般每電泳通道需要10-30 μgDNA實際操作需要較量植物材料提取DNA轉基植物愈傷組織菌條件經篩選、重新化般都比較細弱宜量取外源基插入發基重組造限制性酶切位點丟失Southern 檢測些素都制約SouthernT0代轉基植物檢測外源基拷貝數應用
2、熒光定量PCR
利用新型、靈敏、高通量實熒光定量PCR用於測定原始品系轉基絕拷貝數實熒光定量PCR技術種較新DNA定量其定量基本原理PCR反應體系加入非特異性熒光染料（：SYBR GREEN I）或特異性熒光探針（：Taqman 探針）實檢測熒光量變化獲同品達定熒光信號（閾值）所需循環數：CT值（Cycle Threshold）；通已知濃度標准品CT值與其濃度數繪制標准曲線准確定量品濃度熒光定量 PCR 技術具簡便、快捷優點能夠效擴增低拷貝靶片段DNA每克品20 pg-10 ng轉基進行效檢測同與Southern相比熒光定量PCR技術T-DNA 同序列進行擴增能實現轉基品系基重組檢測
選擇種合適陽性標准品繪制標准曲線應用實熒光定量 PCR 技術准確定量模板初始濃度基礎近內外科家做同嘗試Song（2002）等認理想標准品應該已插入外源基植物基組DNA並且用Southern blot准確測插入外源基拷貝數實際研究難套標准品提替代案根據外源基拷貝數野型植物基組 DNA 按定濃度比率混合制標准曲線例轉基玉米外源基拷貝數研究發現加入熒光染料SYBR GREEN I20 μL PCR反應體系應6 ng野型玉米基組DNA作模板量已知玉米基組DNA2.5 × 10.9 bp（ArmuganathanEarle 1999）相應於6 ng玉米基組DNA即計算模擬1、2、4、8、16外源基拷貝應加入質粒 DNA 量
些梯度混合液作標准品繪制標准曲線檢測品濃度並計算插入拷貝數實驗表明用種獲數據 Southern blot 結相致Giovanna（2002）農桿菌介導轉基番茄作研究材料選擇雙元載體T-DNA區兩外源基TSWV-N（Tomato spotted wilt virus）、nptⅡ（neomycin phosphoril-transferaseⅡ）單拷貝內源基（endogenous gene）作熒光定量PCR擴增模板檢測外源基拷貝數認使用植物基組 DNA 定比例質粒混合液作標准品累積許避免誤差比使用種標准品必需預先知道待測植物基組 DNA 精確量並植物基組 DNA 質粒准確定量數情況數據都近似值再混合液作標准品檢測每轉基植株外源基拷貝數放些誤差
提相CT或δ-δCT優點需要每實驗製作標准曲線需要優化步驟證明外源基與內源基相同至少相似反應效率即與其定量技術 Southern Blot 相比實定量 PCR 技術特異性高信嗓比特性轉基拷貝數定量提供些便與實定量 PCR 相比 DNA 點雜交技術要花費菲
Ⅸ 基因測序基因拷貝數變異圖怎麼看
拷貝數變異(Copy number variation, CNV)是由基因組發生重排而導致的, 一般指長度為1 kb 以上的基因
組大片段的拷貝數增加或者減少, 主要表現為亞顯微水平的缺失和重復。CNV 是基因組結構變異(Structural
variation, SV) 的重要組成部分。CNV位點的突變率遠高於SNP(Single nucleotide polymorphism), 是人類疾病的重要致病因素之一。
目前, 用來進行全基因組范圍的 CNV 研究的方法有: 基於晶元的比較基因組雜交技術(array-based comparative genomic hybridization, aCGH)、SNP 分型晶元技術和新一代測序技術。CNV的形成機制有多種, 並可分為DNA重組和DNA錯誤復制兩大類。CNV可以導致呈孟德爾遺傳的單基因病與罕見疾病, 同時與復雜疾病也相關。其致病的可能機制有基因劑量效應、基因斷裂、基因融合和位置效應等。對 CNV的深入研究, 可以使我們對人類基因組的構成、個體間的遺傳差異、以及遺傳致病因素有新的認識。
Ⅹ 如何通過非實驗方法得知某個基因在指定基因組里的拷貝數
基因（遺傳因子）是具有遺傳效應的DNA片段（部分病毒如煙草花葉病毒、HIV的遺傳物質是RNA）。基因支持著生命的基本構造和性能。儲存著生命的種族、血型、孕育、生長、凋亡等過程的全部信息。環境和遺傳的互相依賴，演繹著生命的繁衍、細胞分裂和蛋白質合成等重要生理過程。生物體的生、長、衰、病、老、死等一切生命現象都與基因有關。它也是決定生命健康的內在因素。因此，基因具有雙重屬性：物質性（存在方式）和信息性（根本屬性）。
先要把基因組提取出來，然後把基因組做模板，對那個基因進行RT-PCR，如果所研究的某一基因的所有拷貝數都包含在基因組內的話，那麼就可以確定原始的拷貝數，當然需要製作一個標准曲線的，（可以把那段基因當做定量的工具，先要准確定量好，濃度大一點的，就是說先定量一個ng級以上的標准模板，可以用紫外分光光度計或是nanodrop等儀器能夠檢測出的，然後梯度稀釋，這樣先製作成一個標準的曲線）這樣可以根據RT-PCR的擴增Ct值代入到標准曲線里去求出拷貝數，當然模板要全部包含在基因組內。不知道我說的對不對，也就是你所說的實際上就是檢測模板的濃度。