㈠ 知道基因全序列 怎樣預測啟動子
在網上搜一碰拿下 啟森衫動子預測此吵腔，有很多的
如：
Promoter Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bioportal.bic.nus.e.sg/tres/
㈡ [甲基化問題錦集]
今天和大家聊聊甲基化。
問：什麼是表觀遺傳修飾？
答：基因組表觀遺傳修飾主要包括DNA甲基化修飾與核小體中組蛋白的修飾等，使得被修飾DNA的空間結構發生改變或使染色體結構發生改變，導致基因的沉默或過度表達。這兩種修飾都是在不改變DNA鹼基種類與數量的前提下使生物體表型呈現出多樣化。
問：什麼是DNA甲基化？
答：DNA甲基化是指在DNA 甲基化轉移酶的作用下，將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5』-甲基胞嘧啶的過程。
問：DNA甲基化修飾有什麼作用？
答：DNA甲基化是最早發現的一種表觀遺傳修飾，可能存在於所有高等生物中， 它並乎游不改變基因的鹼基序列， 而是通過改變基因的表達影響細胞的功能，與基因沉默、X染色體失活、基因組印記、RNA i以及腫瘤等生物事件密切相關，它們的共同作用機制是調節基因的表達。
問：不同生物，DNA甲基化類型是一樣的嗎？
答：當然不一樣啦。原核生物中甲基化多發生在CCA/TGG和GATC序列，而真核生物中DNA甲基化一般只發生在CpG位點上，哺乳動物DNA甲基化只發生在CpG島的胞嘧啶，植物甲基化發生在CpG和CpNpG。
問：什麼是CpG島？
答：CpG雙核苷酸在人類基因組中的分布很不均一，而在基因組的某些區段CpG序列密度很高，可達到均值5倍以上即所謂的CpG島。CpG島主要位於基因的啟動子（promotor）和第一外顯子區域，約有60%以上基因的啟動子含有CpG島。CpG島的GC含量大於50%，經梁頌常出現在真核生物的編碼基因的調控區。
問：CpG島為什麼要有個"p"，而不叫CG島？p有什麼特殊含意？
答：CpG是胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤的縮寫，p代表磷酸。
問：如何預測CpG島？
答：由於CpG 島區域較小，研究起來更為方便，因此，眾多的研究熱點集中在CpG 島甲基化狀態的研究上。而研究CpG島甲基化的前提條件是確認最合適的CpG 島區域。
目前有一些網站可以進行CpG島的預測，我推薦幾個比較好用的：
CpG Island（ http://www.uscnorris.com/cpgislands2/cpg.aspx ） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=TPM1+HOMO
http://www.urogene.org/methprimer/
CpGfinder( http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter )
CpG islands revealing( http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl )
CpGPlot/CpGReport/Isochore( http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html )
然後用實驗證實，可以用bisulfite sequencing來比較處理前後的不同，找到甲基化位點。
問：驗證特定甲基化位點，並進行甲基化程度分析有哪些方法？
答：採用對照組和實驗組樣本進行甲基化驗證。
(1) MSP方法：可進行特定位點甲基化驗證，適用於甲基化晶元後的結果，無法進行甲基化程度分析；
(2) BSP克隆測橡頃鄭序法：驗證某些相關基因的甲基化位點，並精確計算出甲基化程度百分比；
(3) HRM法：適用於大批量樣本甲基化驗證，並能計算出甲基化程度范圍。
(4) 焦磷酸測序：測序有效長度不超過60bp，精確定量每一個CpG位點。
(5) MassARRAY® 平台：用於單個基因啟動子區域的甲基化檢測；每個反應覆蓋長達500 bp的多個CpG位點； 精準定量每一個CpG位點。
問：剛剛開始研究甲基化，如何尋找甲基化位點？
答：甲基化的研究是近年來較為火熱的研究領域之一，您是不是也對它垂涎已久，卻苦於無從下手？其實甲基化的研究並沒那麼難，一句話，還是套路！
首先，甲基化位點的篩選，可以使用全基因組Bisulfite測序（WGBS）、簡化基因組甲基化測序（MethylRAD技術）或者甲基化晶元進行基因組整體水平甲基化檢測，每種方法各有利弊，要根據實際的研究方向選擇不同的方法。對於樣品間差異甲基化位點的篩選，可以採用WGBS和MethylRAD技術，其中MethylRAD技術可以應用於無參考基因組的物種，Illumina Methylation EPIC晶元只能用於人類的DNA甲基化水平檢測。當然也可以根據一些相關研究顯示某些基因存在表達量降低的現象，預測該基因是否存在CpG島；或者根據文獻尋找相關基因的甲基化位點。
其次，對選擇的特異位點進行甲基化驗證，並進行甲基化程度分析。
最後，根據對照組和實驗組樣本的檢測結果，分析甲基化位點與研究的相關性。
問：只知道基因名稱，如何做甲基化檢測？
答：只需要將物種及基因信息告知相應或測序公司，會為您提供全方位的檢測服務。
原文： 甲基化問題錦集
㈢ 什麼軟體或網站可以分析啟動子
可以下載GENSCAN、Promoter和Dragon Promoter Finder軟體螞碧虧，這些軟體悶神慧枝專門用於預測啟動子區域，核心啟動子一般指TATA盒和起始子。
㈣ 如何查找基因的啟動子及預測轉錄因子
1.對於陵唯肆已知啟動山寬子的生物，就不過多贅述了，網上資源很多，可以上blast等生物信息學網站搜索基因序列，很容易得到序列的
2.對於原核生物來說，啟動子一般就在起始密碼子上游不遠處，是緊密相連的，所以啟動子及其調控序列一般位於基因上游不遠處。
3.對於真核生物來說，啟動子有可能在距相應基因的上游或下游，部分甚至距離基因幾千kb, 很難准確判斷出位置，尺轎所以預測的話得用Gel Shift Assay 或者 Dnase I Footprinting 技術來確定，這兩個都是比較費時間的實驗
㈤ 現在植物啟動子序列預測順式作用元件比較全和可信的網站是哪些阿
plantcare
㈥ 如何在NCBI上查找某一基因序列及其啟動子
定義：啟動子是參與特定基因轉錄及其調控的DNA序列。包含核心啟動子區域和調控區域。核心啟動子區域產生基礎水平的轉錄，調控區域能夠對不同的環境條件作出應答，對基因的表達水平做出相應的調節。 區域：啟動子的范圍非常大，可以包含轉錄起始位點上游2000bp，有些特定基因的轉錄區內部也存在著轉錄因子的結合位點，因此也屬於啟動子范圍。 這項搜尋要從UCSC基因組瀏覽器開始，網址為以編碼pendrin (PDS)的基因為例來說明上述問題。PDS與耳蝸的異常發育、感覺神經性聽力下降以及彌散性甲狀腺增大（甲狀腺腫）有關。 進入UCSC的主頁後，在Organism的下拉菜單中選擇Human，然後點擊Browser。使用者現在到了人類基因組瀏覽器入口。本例的搜尋很簡單：在assembly的下拉菜單中選擇Dec. 2001，在position框中鍵入pendrin，然後點擊Submit。返回的頁面結果顯示一個已知的基因和兩個mRNA序列。繼續點擊mRNA序列的登錄號AF030880，出現包含這個mRNA區域的圖解概要。為了獲得這個區域更清晰的圖像，點擊緊靠zoom out的1.5X按鈕。最後點擊頁面中部的reset all按鈕，使各個路徑的設置恢復默認狀態。 然而，對於本例攜含卜的搜尋目的來說，默認設置不是理想的設置。按照視圖利用頁面底部的Track Controls按紐，將一些路徑設置為hide模式（即不顯示），其他設置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設置為full模式（每個特徵有一個分開的線條，最多達300）。在考慮這些路徑內究竟存在那些資料之前，對這些路徑的內容和表現做一個簡要的討論是必要的，許多這些討論是由外界提供給UCSC的。下面是對基因預測方法的更進一步討論，這些信息也可以在其他地方找到老磨。 對於Known Genes（已知基因）和預測的基因路徑來說，一般的慣例是以一個高的垂直線或塊狀表示每個編碼外顯子，以短的垂直線或塊狀表示5′端和3′端非翻譯區。 起連接作用的內含子以非常細的線條表示。翻譯的方向由沿著細線的箭頭指示。 Known Genes來自LocusLink內的mRNA參照序列，已經利用BLAT程序將這些序列與基因組序列進行比對排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路徑是利用Acembly程序將人類mRNA和EST序列數據與人類基因組序列進行比對排列而來的。Acembly程序試圖找到mRNA與基因組序列的最好的比對排列以及判斷選擇性剪接辯穗模型。假如有多於1個的基因模型具有統計學意義，則它們都全部顯示出來。有關Acembly的更多信息可以在NCBI的網站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路徑由Ensembl提供。Ensembl基因通過許多方法來預測，包括與已知mRNA和蛋白質進行同源性比較，ab initio基因預測使用GENSCAN和基因預測HMMs。 http://www.ebi.ac.uk/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路徑通過尋找基因的結構特徵來預測基因內部的外顯子，例如剪接位點的給位和受位的結構特徵，利用一種動態的程序演算法推定編碼區域和推定外顯子5′端和3′端的內含子區域；這個方法也考慮到蛋白質相似性的資料。 Genscan Gene Predictions路徑由GENSCAN方法衍生而來，通過這個方法，可以確定內含子、外顯子、啟動子區域和poly(A)信號。此時，這個方法並不期望查詢的序列只出現1個基因，因此可以對部分基因或被基因之間的DNA分隔的多個基因進行准確的預測。 Human mRNAs from Genbank路徑顯示基因庫的人類mRNAs與基因組序列的比對排列。 Spliced ESTs和Human EST路徑顯示來自GenBank的ESTs序列與基因組的序列對齊比較。由於ESTs通常代表了轉錄基因的片斷，一個EST很有可能對應於某個外顯子區。 最後，Repeating Elements by RepeatMasker這個路徑顯示的是重復元件，例如散在的或長或短的核元素(SINEs和LINEs)，長末端重復序列(LTRs)和低復雜性區域(http://repeatmasker.genome.washington.e/cgi-bin/RepeatMasker)。一般來說，在將基因預測方法應用於核苷酸序列之前，需要去掉或掩飾這些成分。 回到視圖顯示的例子，可以看到大多數路徑返回了幾乎同樣的基因預測結果。作為一個規則，通過多種方法預測的外顯子提高了預測的正確率而不會出現「假陽性」結果。多數方法顯示3′端非翻譯區，以左側大而短的塊狀表示。Acembly路徑顯示除了全長序列產物（如這個部分第3條線所示）之外還有3個可能的選擇性剪接，其它大多數路徑顯示與此預測結果相符。Genscan路徑從左、右方嚮往遠處延伸：GENSCAN可以被用於預測多個基因。 盡管這些圖解概要很有用，然而研究者更需要與這些垂直線或塊狀相對應的序列。以此為例，用Fgenesh++預測作為獲得原始序列數據的基礎，但不管選擇哪個路徑其步驟都是一樣的。點擊標有Fgenesh++ Gene Predictions的路徑，出現的是一個描述預測的概要頁面。 序列的區域與pendrin基因相似（從這個例子一開始就已經知道了）。給出了序列的大小及序列開始和結束的預測，並顯示預測是以負鏈為基礎的。想要獲得序列，點擊Genomic Sequence。使用者將被帶到一個標題為Get Genomic Sequence Near Gene的查詢頁面，在這個頁面上，可以獲得轉錄物、編碼區、啟動子或轉錄物加啟動子的序列。 點擊Transcript返回的頁面顯示完整的轉錄子，外顯子以大寫字母表示。 點擊Coding Region Only得到的是編碼區,外顯子以大寫字母表示。 點擊Transcript + Promoter，返回的頁面顯示的是在上述選擇Transcript所獲序列的5′端添加了啟動子序列，以大寫字母表示外顯子。啟動子的長度顯示在文本框內。 點擊Promoter返回的頁面正好是啟動子區。
㈦ 真核生物啟動子資料庫（Eukaryotic Promoter Database, EPD）
我不太懂，其實可以直接在基因上游1-2kb的范圍內設計引物，PCR出來試試就行了。