㈠ 知道基因全序列 怎样预测启动子
在网上搜一碰拿下 启森衫动子预测此吵腔，有很多的
如：
Promoter Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bioportal.bic.nus.e.sg/tres/
㈡ [甲基化问题锦集]
今天和大家聊聊甲基化。
问：什么是表观遗传修饰？
答：基因组表观遗传修饰主要包括DNA甲基化修饰与核小体中组蛋白的修饰等，使得被修饰DNA的空间结构发生改变或使染色体结构发生改变，导致基因的沉默或过度表达。这两种修饰都是在不改变DNA碱基种类与数量的前提下使生物体表型呈现出多样化。
问：什么是DNA甲基化？
答：DNA甲基化是指在DNA 甲基化转移酶的作用下，将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5’-甲基胞嘧啶的过程。
问：DNA甲基化修饰有什么作用？
答：DNA甲基化是最早发现的一种表观遗传修饰，可能存在于所有高等生物中， 它并乎游不改变基因的碱基序列， 而是通过改变基因的表达影响细胞的功能，与基因沉默、X染色体失活、基因组印记、RNA i以及肿瘤等生物事件密切相关，它们的共同作用机制是调节基因的表达。
问：不同生物，DNA甲基化类型是一样的吗？
答：当然不一样啦。原核生物中甲基化多发生在CCA/TGG和GATC序列，而真核生物中DNA甲基化一般只发生在CpG位点上，哺乳动物DNA甲基化只发生在CpG岛的胞嘧啶，植物甲基化发生在CpG和CpNpG。
问：什么是CpG岛？
答：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段CpG序列密度很高，可达到均值5倍以上即所谓的CpG岛。CpG岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有60%以上基因的启动子含有CpG岛。CpG岛的GC含量大于50%，经梁颂常出现在真核生物的编码基因的调控区。
问：CpG岛为什么要有个"p"，而不叫CG岛？p有什么特殊含意？
答：CpG是胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤的缩写，p代表磷酸。
问：如何预测CpG岛？
答：由于CpG 岛区域较小，研究起来更为方便，因此，众多的研究热点集中在CpG 岛甲基化状态的研究上。而研究CpG岛甲基化的前提条件是确认最合适的CpG 岛区域。
目前有一些网站可以进行CpG岛的预测，我推荐几个比较好用的：
CpG Island（ http://www.uscnorris.com/cpgislands2/cpg.aspx ） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=TPM1+HOMO
http://www.urogene.org/methprimer/
CpGfinder( http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter )
CpG islands revealing( http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl )
CpGPlot/CpGReport/Isochore( http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html )
然后用实验证实，可以用bisulfite sequencing来比较处理前后的不同，找到甲基化位点。
问：验证特定甲基化位点，并进行甲基化程度分析有哪些方法？
答：采用对照组和实验组样本进行甲基化验证。
(1) MSP方法：可进行特定位点甲基化验证，适用于甲基化芯片后的结果，无法进行甲基化程度分析；
(2) BSP克隆测橡顷郑序法：验证某些相关基因的甲基化位点，并精确计算出甲基化程度百分比；
(3) HRM法：适用于大批量样本甲基化验证，并能计算出甲基化程度范围。
(4) 焦磷酸测序：测序有效长度不超过60bp，精确定量每一个CpG位点。
(5) MassARRAY® 平台：用于单个基因启动子区域的甲基化检测；每个反应覆盖长达500 bp的多个CpG位点； 精准定量每一个CpG位点。
问：刚刚开始研究甲基化，如何寻找甲基化位点？
答：甲基化的研究是近年来较为火热的研究领域之一，您是不是也对它垂涎已久，却苦于无从下手？其实甲基化的研究并没那么难，一句话，还是套路！
首先，甲基化位点的筛选，可以使用全基因组Bisulfite测序（WGBS）、简化基因组甲基化测序（MethylRAD技术）或者甲基化芯片进行基因组整体水平甲基化检测，每种方法各有利弊，要根据实际的研究方向选择不同的方法。对于样品间差异甲基化位点的筛选，可以采用WGBS和MethylRAD技术，其中MethylRAD技术可以应用于无参考基因组的物种，Illumina Methylation EPIC芯片只能用于人类的DNA甲基化水平检测。当然也可以根据一些相关研究显示某些基因存在表达量降低的现象，预测该基因是否存在CpG岛；或者根据文献寻找相关基因的甲基化位点。
其次，对选择的特异位点进行甲基化验证，并进行甲基化程度分析。
最后，根据对照组和实验组样本的检测结果，分析甲基化位点与研究的相关性。
问：只知道基因名称，如何做甲基化检测？
答：只需要将物种及基因信息告知相应或测序公司，会为您提供全方位的检测服务。
原文： 甲基化问题锦集
㈢ 什么软件或网站可以分析启动子
可以下载GENSCAN、Promoter和Dragon Promoter Finder软件蚂碧亏，这些软件闷神慧枝专门用于预测启动子区域，核心启动子一般指TATA盒和起始子。
㈣ 如何查找基因的启动子及预测转录因子
1.对于陵唯肆已知启动山宽子的生物，就不过多赘述了，网上资源很多，可以上blast等生物信息学网站搜索基因序列，很容易得到序列的
2.对于原核生物来说，启动子一般就在起始密码子上游不远处，是紧密相连的，所以启动子及其调控序列一般位于基因上游不远处。
3.对于真核生物来说，启动子有可能在距相应基因的上游或下游，部分甚至距离基因几千kb, 很难准确判断出位置，尺轿所以预测的话得用Gel Shift Assay 或者 Dnase I Footprinting 技术来确定，这两个都是比较费时间的实验
㈤ 现在植物启动子序列预测顺式作用元件比较全和可信的网站是哪些阿
plantcare
㈥ 如何在NCBI上查找某一基因序列及其启动子
定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。 区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。 这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。 进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。 然而，对于本例携含卜的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到老磨。 对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。 起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。 Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路径是利用Acembly程序将人类mRNA和EST序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接辩穗模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。 http://www.ebi.ac.uk/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一种动态的程序算法推定编码区域和推定外显子5′端和3′端的内含子区域；这个方法也考虑到蛋白质相似性的资料。 Genscan Gene Predictions路径由GENSCAN方法衍生而来，通过这个方法，可以确定内含子、外显子、启动子区域和poly(A)信号。此时，这个方法并不期望查询的序列只出现1个基因，因此可以对部分基因或被基因之间的DNA分隔的多个基因进行准确的预测。 Human mRNAs from Genbank路径显示基因库的人类mRNAs与基因组序列的比对排列。 Spliced ESTs和Human EST路径显示来自GenBank的ESTs序列与基因组的序列对齐比较。由于ESTs通常代表了转录基因的片断，一个EST很有可能对应于某个外显子区。 最后，Repeating Elements by RepeatMasker这个路径显示的是重复元件，例如散在的或长或短的核元素(SINEs和LINEs)，长末端重复序列(LTRs)和低复杂性区域(http://repeatmasker.genome.washington.e/cgi-bin/RepeatMasker)。一般来说，在将基因预测方法应用于核苷酸序列之前，需要去掉或掩饰这些成分。 回到视图显示的例子，可以看到大多数路径返回了几乎同样的基因预测结果。作为一个规则，通过多种方法预测的外显子提高了预测的正确率而不会出现“假阳性”结果。多数方法显示3′端非翻译区，以左侧大而短的块状表示。Acembly路径显示除了全长序列产物（如这个部分第3条线所示）之外还有3个可能的选择性剪接，其它大多数路径显示与此预测结果相符。Genscan路径从左、右方向往远处延伸：GENSCAN可以被用于预测多个基因。 尽管这些图解概要很有用，然而研究者更需要与这些垂直线或块状相对应的序列。以此为例，用Fgenesh++预测作为获得原始序列数据的基础，但不管选择哪个路径其步骤都是一样的。点击标有Fgenesh++ Gene Predictions的路径，出现的是一个描述预测的概要页面。 序列的区域与pendrin基因相似（从这个例子一开始就已经知道了）。给出了序列的大小及序列开始和结束的预测，并显示预测是以负链为基础的。想要获得序列，点击Genomic Sequence。使用者将被带到一个标题为Get Genomic Sequence Near Gene的查询页面，在这个页面上，可以获得转录物、编码区、启动子或转录物加启动子的序列。 点击Transcript返回的页面显示完整的转录子，外显子以大写字母表示。 点击Coding Region Only得到的是编码区,外显子以大写字母表示。 点击Transcript + Promoter，返回的页面显示的是在上述选择Transcript所获序列的5′端添加了启动子序列，以大写字母表示外显子。启动子的长度显示在文本框内。 点击Promoter返回的页面正好是启动子区。
㈦ 真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promoter Database, EPD）
我不太懂，其实可以直接在基因上游1-2kb的范围内设计引物，PCR出来试试就行了。